在煤炭价格走低、煤企日子本已不堪的情况下，税率的确定无疑是一个政府和企业“讨价还价”的过程。中国煤炭工业协会数据显示，目前我国有8个省区煤炭全行业亏损，全国煤炭企业亏损面仍在70%以上，7、8月企业主营活动利润比前6个月月均水平下降了近50%，一些企业减发、欠发工资问题依然突出。
“受产能限制，企业不能靠多出煤来增收，只能节支，但煤炭企业受安全等因素影响，到一定程度就没法再节支了，我们企业已经处在亏损边缘。而目前我们所有的税费加起来，才占到销售收入总额的1.56%，即使以最低2%的税率来测算，我们1至9月份就得多交4000多万元。”河北某大型煤炭企业人士抱怨道。
据记者了解，全国性煤炭资源税改革方案出台，大部分煤炭企业都对各自能承受的税率进行了测算。在前一时期多数产煤省区已经降低或取消一些收费的情况下，除了山西和内蒙古的部分煤炭企业测算出的数值较高外，大部分煤炭企业测算的税率在1%到4%之间，低于2%的不在少数，这意味着即使地方实施最低2%的税率，也会增加部分煤炭企业负担。
中国社科院财经战略研究院研究员张斌接受《经济参考报》记者采访时称：“煤价现在是比较低的时点，煤炭企业日子艰难，地方财政压力也比较大，这个时候各方都会斤斤计较。”张斌认为，这次改革总的原则是不能让地方减收，也不能增加煤炭企业负担，两个目标之间需要达到一个平衡。
改革遇到的难题不止于此。“一些操作细则还需完善。”冯苏芳说，按国家规定，资源衰竭期煤矿开采的煤炭，以及充填开采置换出来的煤炭，资源税分别减征30％和50％。但资源衰竭期煤矿由谁认定，如何计算充填开采置换出的煤炭，仍需进一步明确。与此同时，从价计征中的“价”采用坑口价，其与车板价之间的运输费用如何计算，既赋予基层税务人员权力，也存在较大风险。
业内最关注的还有洗选煤应纳税额的折算率问题。“原煤洗选率差异较大，要针对不同的情况，确定不同的折算率，既不能全省确定一个折算率，也不能一个企业确定一个折算率。”杨秀斌解释说。
此外，省内各级地方政府以及部门之间也存在着利益博弈，税收收入使用分配、基层收费权限界定、防止乱收费死灰复燃都是改革需要考虑的。杨秀斌建议，应公布涉煤企业收费目录清单，清单之外的收费基金，企业可以拒绝缴纳。各省财政厅、发改委、审计厅部门加强对省级及以下各级取消收费工作情况进行专项检查，若有违规收费行为，按照有关法律法规规定处理。
